Béon a toujours été près des grands axes de circulations, car la voie romaine passait entre Béon et Cézy.
Cité dès le 6e siècle, dans des textes, le village se développe en cultivant les terres défrichées au profit de l'abbaye Saint-Pierre le vif de Sens.
Les seigneurs de Béon seront à l'époque médiévale vassaux du comte de Joigny. Au début du 14e siècle, Isabelle de Mello fonde la chartreuse de Valprofonde, mais les guerres de Cents Ans et de religion modifient le paysage local.
La chartreuse est en partie brûlée en 1557 puis vendue à des propriètaires privés dès le 18e siècle.
Le village d'origine autour de son église Notre-Dame est abandonné et se déplace dans le vallon, ce qui crée aujourd'hui cette vue incroyable sur l'édifice isolé en hauteur.